税务部门查询A公司会计账簿信息，发现A公司收到代扣代缴个人所得税返还的2%手续费，并将其计入“其他收益”科目核算。经对比A公司增值税申报表、企业所得税申报表、个人所得税申报表，税务部门发现，A公司代扣代缴个人所得税获得的手续费返还，计入其收入总额并计算缴纳了企业所得税，但未申报缴纳增值税。

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